疾病的发生主要关系到邪气和正气两个方面。
邪正斗争与发病，正气与邪气的概念：正气，简称正，通常与邪气相对而言，是人体机能的总称，即人体正常机能及所产生的各种维护健康的能力，包括自我调节能力、适应环境能力、抗邪防病能力和康复自愈能力。正气的作用方式有三：自我调节，以适应内外环境的变化，维持阴阳的协调平衡，保持和促进健康；抗邪防病，或疾病发生后驱邪外出；自我康复，病后或虚弱时自我修复，恢复健康。邪气，又称病邪，简称邪，与正气相对而言，泛指各种致病因素。包括存在于外界环境之中和人体内部产生的各种具有致病或损伤正气作用的因素。诸如前述的六淫、疫疠、七情、外伤及痰饮和瘀血等。
邪正斗争与发病：疾病的发生、发展和变化，是在一定条件下邪正斗争的结果。中医学认为，在疾病发生发展过程中，病邪侵害和正气虚弱都是必不可少的因素。既强调“邪之所凑，其气必虚”（《素问·评热病论》），“不得虚，邪不能独伤人”（《灵枢·百病始生》），同时也强调“必有因加而发”，告诫人们“避其毒气”。邪气与正气的斗争贯穿于疾病过程的始终，两者互相联系又相互斗争，是推动疾病发展的动力。邪气与正气的斗争以及它们之间的力量的对比常常影响着疾病的发展方向和转归。中医学在重视邪气对疾病发生的重要作用的同时，更重视正气在疾病发生中的主要作用，两者都能起决定作用。
正气在发病中的作用：中医发病学非常重视正气在邪正斗争中的主导作用。在一般情况下，若人体脏腑功能正常，气血充盈，卫外固密，常足以抗御邪气的侵袭，病邪便难以侵入，即使邪气侵人，亦能驱邪外出。因此，一般不易发病，即使发病也较轻浅易愈。当正气不足时，或邪气的致病能力超过正气的抗病能力的限度时，邪正之间的力量对比表现为邪盛正衰，正气无力抗邪，感邪后又不能及时驱邪外出，更无力尽快修复病邪对机体造成的损伤，及时调节紊乱的机能活动，于是发生疾病。所谓“邪之所凑，其气必虚”（《素问·评热病论》），“凡风寒感人，由皮毛而人；瘟疫感人，由口鼻而人。总由正气适逢亏欠，邪气方能干犯”（《医论三十篇》）。因此，在病邪侵入之后，机体是否发病了一般是由正气盛衰所决定的。正能抗邪，正盛邪却，则不发病；正不敌邪，正虚邪侵，则发病。人体正虚的程度各不相同，因而形成疾病的严重程度不一。一般而言，人感受邪气而生病，多是摄生不当，机体的抵抗力一时性下降，给邪气以可乘之机。邪气侵入以后，人体正气也能奋起抗邪，但在邪气尚未被祛除之前，生理功能已经受到破坏，所以会有相应的临床症状，从而说明某一性质的疾病已经形成。但是，素体虚弱的病人，往往要待邪气侵入到一定的深度以后，正气才能被激发。因此，其病位较深，病情较重。“邪乘虚人，一分虚则感一分邪以凑之，十分虚则感十分邪”（《医原纪略》）。在一般情况下，正虚的程度与感邪为病的轻重是相一致的。
邪气侵入人体以后，究竟停留于何处而为病，这取决于人体各部分正气之强弱。一般说来，人体哪一部分正气不足，邪气即易于损伤哪一部分而发病。如脏气不足，病在脏；腑气不足，病在腑；经脉不足，病在经脉。
由上可知，人体正气的强弱，可以决定疾病的发生与否，并与发病部位、病变程度轻重有关。所以，正气不足是发病的主要因素。从疾病的发生来看，人体脏腑功能正常，正气旺盛，气血充盈，卫外固密，病邪就难以侵入，疾病也就无从发生。从人体受邪之后看，正气不甚衰者，即使受邪，也较轻浅，病情多不深重；正气虚弱者，即使轻微受邪，亦可发生疾病或加重病情。从发病的时间来看，正气不很弱者，不一定立即发病，而只有正气不足时，才能立即发病。即只有在人体正气相对虚弱，卫外不固，抗邪无力的情况下，邪气方能乘虚侵入，使人体阴阳失调、脏腑经络功能紊乱，而发生疾病
邪气在发病中的作用：中医重视正气，强调正气在发病中的主导地位，并不排除邪气对疾病发生的重要作用。邪气是发病的必要条件，在一定的条件下，甚至起主导作用。如高温、高压电流、化学毒剂、枪弹杀伤、毒蛇咬伤等，即使正气强盛，也难免不被伤害。疫疠在特殊情况下，常常成为疾病发生的决定性因素，因而导致了疾病的大流行。所以中医学提出了“避其毒气”的主动预防措施，以防止传染病的发生和播散。
疾病发生以后，其病理变化与感邪的性质、轻重，以及邪气作用的部位有密切关系。疾病与病邪的关系：一般来说，感受阳邪，易致阳偏盛而出现实热证；感受阴邪，易致阴偏盛而出现实寒证。如火为阳邪，心火炽盛，则现面赤舌疮、心烦失眠、小便短赤等实热之证：而寒为阴邪，寒邪直中，伤及脾胃，则现吐泻清稀、脘腹冷痛、小便清长等阴寒之候。疾病与感邪轻重的关系：疾病的轻重，除体质因素外，决定于感邪的轻重，邪轻则病轻，邪重则病重。例如，同一风邪袭人，因感邪轻重不一，其病则有伤寒和伤风之异，邪甚而深者为伤寒，邪轻而浅者为伤风。疾病与病邪所中部位的关系：病邪侵犯人体的部位不同，临床表现也不尽一致。如寒客肌表经脉，则头身四肢疼痛。寒邪犯肺，则咳嗽喘促、痰液稀白等。
邪正斗争的胜负，决定发病与不发病。正能胜邪则不发病：邪气侵袭人体时，正气奋起抗邪。若正气强盛，抗邪有力，则病邪难于侵入，或侵入后即被正气及时消除，不产生病理反应而不发病。如自然界中经常存在着各种各样的致病因素，但并不是所有接触这些因素的人都会发病，此即正能胜邪的结果。邪胜正负则发病：在正邪斗争过程中，若邪气偏胜，正气相对不足，邪胜正负，从而使脏腑阴阳、气血失调，气机逆乱，便可导致疾病的发生。发病以后，由于正气强弱的差异、病邪性质的不同和感邪的轻重，以及所在部位的浅深，从而产生不同的病证。
中医学坚持“邪正相搏”的发病观点，提出了“正气内虚”和“因加而发”之说。认为人体受邪之后，邪留体内，当时可不出现任何症状。由于某种因素，如饮食起居失调，或情志变动等，造成人体气血运行失常，抗病机能衰退，病邪乘机而起与正气相搏而发病。故临床上常见某些疾患，随着正气的时衰时盛，而出现时发时愈，或愈而复发的情况。所以，病邪虽可致病，但多是在正气虚衰的条件下，才能为害成病。
由此可见，正气和邪气是相互对抗、相互矛盾的两个方面。正气与邪气不断地进行斗争，疾病的发生决定于正气和邪气双方斗争的结果。中医学就从这两个方面的辩证关系出发，建立了发病学的基本观点，既强调了人体正气在发病上的决定作用，又不排除邪气的致病条件，这是中医发病学的基本特点。
