临床主要用于治疗精神、神经、泌尿、心血管、消化等多科疾病，如焦虑症、抑郁症、失眠、癫痫、心悸、高血压、胆心综合征、胃病、尿道综合征等病症。

1.失眠：30例失眠症患者给予柴胡加龙骨牡蛎汤加减治疗4个疗程。结果：30例患者治疗前、后SPIEGEL最表的评分减分率有显著性差异；治疗4个疗程后，减分率>75%。(《中国医药指南》2012年第30期)

2.焦虑症：本方加减治疗广泛性焦虑症54例患者，经过1～2个疗程的治疗，54例患者中，痊愈28例，显效18例，有效6例，无效2例，有效率96.3%。(《中国社区医师》2008年第14期)

3.抑郁症：恶性肿瘤化疗后并发抑郁状态病例共64例，随机分为柴胡加龙骨牡蛎汤和盐酸帕罗西汀片组，每组各32例。结果：本方治疗肿瘤抑郁症抑郁评分均有降低，临床疗效与盐酸帕罗西汀片疗效相当，且无胃肠道不良反应。(《光明中医》2012年第1期)

4.心脏神经症心脏神经症：患者120例，治疗组予以柴胡加龙骨牡蛎汤治疗，对照组予以常规西药酒石酸美托洛尔和艾司唑仑治疗。结果：治疗组临床疗效、症状改善均优于对照组。(《心血管防治知识》2011年第3期)

5.冠心病心绞痛汗症：78例冠心病心绞痛汗症患者，对照组以基础治疗加用黄芪注射液治疗，治疗组以基础治疗加柴胡加龙骨牡蛎汤加味煎剂口服。观察2组治疗前后出汗程度、出汗量、出汗频率、出汗对机体影响的积分变化。结果：第1、第2个疗程后，治疗组对各症状积分改善情况均优于对照组( P

6.非糜烂性胃食管反流病：本方治疗非糜烂性胃食管反流病55例，结果：口服柴胡加龙骨牡蛎汤有效率86.7%。(《江苏中医》2012年第8期)

7.尿道综合征：本方加减治疗女性尿道综合征62例，痊愈21例，好转14例，无效3例，有效率为92.18%。(《中国医药导报》2008年第33期)