临床主要用于治疗脑震荡、脑外伤综合征、颞动脉炎、偏头痛、血管神经性头痛等病症。

1.脑震荡：随机分组，治疗组47例给予柴胡细辛汤加味治疗，对照组45例给与吡拉西坦口服治疗，疗程7日。以临床表现为疗效评价指标：结果：治疗组总有效率97.87%，两组差异有统计学意义。(《陕西中医》2004年第10期)

2.脑外伤后综合征：柴胡细辛汤治疗脑外伤后综合征患者60例，与盐酸吡硫醇治疗30例随机对照，疗程14日。以临床表现为疗效评价指标。结果：治疗组有效率为98%，对照组有效率为63.3%，两组差异有统计学意义。(《中国中医药科技》2000年第5期)

3.颞动脉炎：本方加减治疗颞动脉炎患者102例，以临床表现为疗效评价指标。结果：痊愈68例，显效27例，好转7例。(《甘肃中医学院学报》1999年第1期)

4.偏头痛：随机分组，治疗组47例给予柴胡细辛汤加减治疗，对照组65例给与西药(谷维素十吲哚美辛)治疗，疗程45日。以临床表现为疗效评价指标。结果：治疗组显总有效率93.6%，两组差异有统计学意义。(《福建中医药》2001年第3期)

5.血管神经性头痛：本方加减治疗血管神经性头痛患者61例，半个月为1个疗程，一般治疗1～3个疗程。以临床表现为疗效评价指标。结果：治愈21例，好转34例，未愈6例，总有效率90.2%。(《中医药临床杂志》2005年第4期)