组织药方既有一定的原则性，又要有随证加减变化的灵活性，所谓“病有千变，方亦有千变”，但方剂的组成，又是极为严密的。同一方剂，如果有一味药的加减或者剂量有所变更，整个方剂的作用也就不同。如清热的黄连，配半夏则止呕，合木香则止痢，伍吴莱萸则治吞酸。又如黄芩，配猪胆汁能泻肝火，配桑皮能泻肺火，合白术则安胎，伍白芍能止痢。
方剂的变化形式，约有以下四种：
1.药味增减的变化
即指增减方中次要的药物，使该方作用更切合病情。至于主药，只可增（如麻黄汤增石膏同为主药之大青龙汤）不可减，否则属另组新方了。例如：桂枝汤主治发热、头痛、汗出、恶风、脉浮等，若兼喘咳，则加厚朴、杏仁（桂枝加厚朴杏子汤）以降逆平喘。又如养阴方中，如相火过亢者，则加知母、黄柏以泻相火之有余；如系肾阳虚衰者，则加附子、肉桂以阴阳并补；兼肝虚目暗、眩晕者，则加?杞、菊花以滋补肝肾。
2.药量轻重的变化
方剂中的药量与治疗有着密切关系。同一方剂，药量不同，效果迥异。如病证急重，如不相应重用方药，则杯水车薪，无济于事；证情较缓，剂量倘不减少，则又药过病所而反为害。故清代王清任说：“药味要紧，分量更要紧。“日本人渡边熙说：“汉药之秘不可告人者，即在药量。“如厚朴三物汤与小承气汤，同由厚朴、积实、大黄组成，前者以厚朴为主，主治腹部胀满；后者以大黄为君，主治便秘。加大四逆汤中附子、干姜之用量，增加其通脉之功，名通脉四逆汤。桂枝加芍药汤，主药仍是桂枝，只在方中倍加芍药以缓急止痛，主治桂枝汤证兼腹满时痛者，扩大了原方的治疗范围。不但经方如此，后世方亦可从之演变。例如《金匮》之积术汤，金元时张元素改为积术丸。同由积实与白术组成，积术汤重用积实，主治胱腹积滞坚满，积术丸以白术为君，则成为健脾和中，扶益中焦的方剂。
3.剂型更换的变化
药味药量相同，剂型不同，功效各异。中医常用的剂型，有汤剂、丸剂、散剂、酒剂等。不同的剂型特点各异，如“汤者荡也，去大病用之";"丸者缓也，宜于久病缓治,,;"散者散也，取其渐溃而解散”等。一般说，急性病、重病，以汤剂为宜，取其吸收迅速，药力峻利，见效快；丸剂较汤剂缓慢，作用缓和。如理中丸主治脾胃虚寒，因其作用缓慢，只宜于病情轻、病势缓，无须急于求效之证。若将丸剂改为汤剂内服，则作用快而力峻，宜于治疗病情较重，病势较急的证候。对用量小，须常吞而逐渐消化者，如胃痛吞酸，乌贝散比乌贝汤好；尿道结石用鸡内金时，吞服比水煎效佳；滑脱不禁之下利，用桃花汤无效，改用桃花粥则奏效迅速；应用保和丸治食滞，当视滞之轻重，重者用汤剂以求速效，轻者用丸剂以缓消。
4.药物配伍的变化
是指方中主要药物配伍的改变而改变其作用。例如：麻黄配桂枝、杏仁、甘草，功能辛温发汗，散寒平喘，治外感风寒无汗表实证；若配石膏、杏仁、甘草，方名改为麻黄杏仁甘草石膏汤，则有辛凉解表，清宣肺热之功，宜于风热壅肺之喘咳证。
药物配伍的变化，还包括气味化合的变化。辛药与甘药合用，则辛甘化阳，如桂枝甘草汤；酸药与甘药合用，则酸甘化阴，如芍药甘草汤。寒凉药中，味苦者则清热泻火，味甘者则滋阴降火。对蛔虫病的治疗，又根据虫见酸则软，见辛则伏，见苦则下的特点，酸、苦、辛合用，如乌梅丸就是根据这一配伍特点而制订处方的。
综上所述，方剂的运用，既有严格性，又有灵活性，但加减贵在变通，古人所谓“病无常形，医无常方，药无常品，顺逆进退，存乎其时，神圣工巧，存乎其人，君臣佐使，存乎其用”，医生只有知常达变，才能适应盘根错节的病情。
