临床主要用于治疗慢性前列腺炎、慢性盆腔炎、慢性肛窦炎、溃疡性结肠炎、湿疹等病症。

1.慢性前列腺炎：以薏苡附子败酱散合桂枝茯苓丸加减治疗120例，与翁沥通胶囊治疗60例对照，疗程为8周。以治疗前后症状积分为评价指标。结果：总有效率治疗组88.34%，对照组70.00%。(《四川中医》2007年第10期)

2.慢性盆腔炎：90例患者随机分为治疗组52例和对照组38例，对照组予常规抗炎治疗，治疗组在对照组的治疗基础上予薏苡附子败酱散加减煎服，疗程为2周。以下腹疼痛及腰骶酸胀疼痛等症状，妇科及理化检查为评价指标。结果：治疗组治愈9例，显效27例，对照组治愈3例，显效16例，治疗组治疗3、6个月后复发率均低于对照组，差异均具有统计学意义。(《中医药导报》2013年第1期)

3.慢性肛窦炎：120例患者随机分成两组，研究组62例采用内服薏苡附子败酱散及外用太宁栓治疗，对照组58例采用甲硝唑静滴及外用太宁栓。疗程为1周。以临床症状的改善程度为评价指标。结果：研究组有效率为96.80%，对照组为84.5%，差异有统计学意义。(《中国中西医结合外科杂志》2010年第1期)

4.溃疡性结肠炎：72例患者随机分为两组，治疗组36例予薏苡附子败酱散加味治疗，对照组36例用柳氮磺胺吡啶片治疗。疗程为2个月。以临床症状、粪常规、肠镜为疗效评价指标。结果：治疗组显效10例，好转18例，无效8例，总有效率77.78%；对照组显效8例，好转12例，无效16例，总有效率55.56%，差异具有统计学意义。(《河北中医》2005年第3期)

5.湿疹：56例患者均予本方加连翘、牡丹皮、生地黄、当归治疗，以红斑、丘疹、渗出、瘙痒等症状为评价指标。结果：痊愈37例，显效10例，有效5例，无效4例，总有效率92.8%。(《中医药导报》2011年第9期)