代谢内分泌科拥有3个病区，病床126张，设有内分泌、糖尿病、骨质疏松症、肥胖与代谢综合征、甲状腺疾病、1型糖尿病、下丘脑-垂体疾病、肾上腺疾病、性腺疾病、糖尿病教育、肾上腺疾病、遗传内分泌代谢病、生长发育、内分泌性高血压、高尿酸血症和痛风、营养代谢、糖尿病足、内分泌代谢罕见病、DPCC等专病门诊，以糖尿病、代谢性骨病、代谢综合征和遗传性内分泌代谢病为研究方向，在糖尿病分型诊断与治疗、骨质疏松的诊断和治疗等方向居于国内领先地位。
糖尿病亚专科
糖尿病亚专科，专注于糖尿病的诊断与分型、治疗、教育以及电子信息化随访管理。糖尿病一直是湘雅二医院代谢内分泌科和国家代谢性疾病临床医学研究中心重点研究方向之一。2004年成立中南大学糖尿病中心，从事自身免疫糖尿病的发病机制、糖尿病分型诊断的关键技术、1型糖尿病的治疗等相关研究。在国内率先建立完善的胰岛自身抗体检测和评价体系，并先后多次获得糖尿病领域国家科技进步奖和湖南省科技进步一等奖。
近年来，重点利用移动健康技术，创立了互联网+管理平台，牵头成立了中国1型糖尿病联盟，建立了糖尿病患者信息资源库，实现闭环式、全病程管理糖尿病的目的。2015年联合营养科、康复科、眼科、心理科等多学科在国内率先成立了1型糖尿病综合管理模式，并成立了1型糖尿病结构化教育团队，且在全国1型糖尿病联盟多中心医院推广与应用，取得了良好成效。
代谢性骨病亚专科
从19世纪80年代即开始代谢性骨病的临床诊疗及研究，在国际上首次提出了糖尿病无机盐代谢失衡及其骨质疏松较完整的发病学说和行之有效的防治措施。此项研究成果先后获湖南省科技进步二等奖，1986年被评为湖南省十大科技成果之一；1992年《糖尿病无机盐代谢失衡与慢性并发症的关系》研究获得国家科技进步三等奖。自1992年以来，该学科先后四次获得卫生部临床学科重点建设项目，代谢性骨病研究重点由继发性骨质疏松症转向原发性骨质疏松症，所建立的骨质疏松诊断数据库被广泛使用，原发性骨质疏松症防治优化方案的研究方面于2008年获得国家科技进步二等奖1项，后成为中华医学会骨质疏松与骨矿盐疾病委员会主任委员单位。临床上诊治来自国内外众多代谢性骨病患者，出版《代谢性骨病学》专著，通过临床与基础研究的良好结合，能够正确诊治诸多疑难代谢性骨病，在国内外拥有较好声誉。
肥胖与代谢综合征亚专科
本亚专科是国内设立较早的亚专科。周智广教授于2006年在国内率先成立中南大学代谢综合征研究中心，长期从事肥胖相关的研究，如胰岛素抵抗的分子机制、mTORC1信号通路对糖脂代谢的调控作用及机制、代谢手术的机制研究、白色脂肪棕色化的调控等，该中心研究平台对外开放，并联合教育部糖尿病免疫重点实验室、中南大学糖尿病中心已经成功举办14届湘雅国际糖尿病免疫学论坛，搭建了肥胖、代谢综合征国内、国际学术交流平台。获得多项国家级课题资助，包括“973”国家重大科学研究计划。于2011年在国内率先开设肥胖、代谢综合征亚专科门诊，承担省内外复杂、疑难肥胖患者的诊治，已经建立肥胖症规范化的诊治流程和肥胖队列，每年收治肥胖、代谢综合征患者达1400余人，占科室住院患者30%以上。本亚专科已联合胆胰外科、营养科、呼吸科、生殖中心、心内科、康复科、耳鼻喉科、儿科、精神心理等10余个科室，成立了肥胖多学科诊疗团队（MDT），为肥胖患者提供一站式、最优的诊治方案，自2011年以来，已经开展减重代谢手术数百例，术后长期随访，取得了很好的效果，在学术界和社会上享有较高的口碑，先后多次获得医疗新技术奖。
遗传内分泌代谢病亚专科
本亚专科是国内设立较早的亚专科。伍汉文教授于20世纪60年代就在国内率先开展遗传内分泌代谢病研究，获得全国科学技术大会奖；随后遗传内分泌代谢病亚专科在廖二元、周智广等教授的带领以及周后德和彭依群等教授的共同协作发展下，获得了较大的影响。国际上率先找到假性骨关节炎、MODY3、MODY10、成人17q12综合征、血色病、骨硬化症、XLH等多种遗传内分泌代谢病的致病位点，有关研究参与获得国家科技进步二等奖，遗传内分泌代谢病的研究也获得湖南省医学科技进步一等奖。目前该亚专科已建立10多种遗传内分泌代谢病基因诊断项目，建立了特殊类型糖尿病、遗传性脂质代谢异常等罕见病的基因检测初筛标准，并在全国推广；也建立了独特的基因检测报告分析方法与致病性评估体系，在国内具有较大的影响。同时与国内基因诊断机构合作建立了成熟的遗传性内分泌代谢病的相关Panel和全外显子检测项目，开展各种遗传性内分泌代谢疾病的诊治，并为相关病友的个体化治疗提供指导。
甲状腺亚专科
本亚专科设立于2014年9月。伍汉文教授于20世纪50年代（1956年就在中华内科杂志上发表了胫骨前局限性粘液性水肿一例报告及甲状腺功能不足与胡萝卜素血病）就在国内率先开展了甲状腺疾病研究。随后1998年超楚生教授、廖二元教授撰写了著作（甲状腺疾病不敏感综合症）。随后在廖二元、周智广、谢忠建等教授的带领以及张红、袁凌青教授等的共同协作下，获得了较大影响。先后在甲状腺疾病抗体与1型糖尿病、维生素D与甲状腺疾病、 甲状腺疾病和碘营养状况及甲状腺结节的调查（全国调查湖南省部分）、甲状腺癌基础研究（维生素D、miRNA）方面发表了高水平论文。目前门诊量大、平均年诊治甲状腺疾病8万多人次、有专门的甲状腺疾病住院病房（内科楼16楼内分泌二病区）。
肾上腺亚专科
湘雅二医院内分泌科肾上腺亚专科于2012年正式成立，是湖南省内最早成立的肾上腺亚专科。在廖二元、周智广等教授的带领以及苏欣等教授的协作下，获得了较快的发展。近年来专注于肾上腺高血压的诊治，发现原发性醛固酮增多症（原醛症）是一种高发的继发性高血压，首先在高水平的国际期刊报道：新诊断糖尿病伴高血压患者中，原醛症发病率为19%，建议所有糖尿病伴高血压患者筛查原醛症，引起国际国内同行广泛关注。建立了原醛症完备的诊治流程，与介入科一起已完成肾上腺静脉采样（对原醛症亚型分类的金标准）200多例，许多患者在诊断单侧病变后行手术治疗，获得了高血压临床治愈。
亚专科也对常见的肾上腺疾病建立了临床诊疗路径，能独立完成肾上腺相关疾病的各项激素水平的检测，比如原醛症﹑库欣综合征﹑嗜铬细胞瘤，这些疾病已经成为我们亚专科的“常见疾病”。对于多种肾上腺相关少见疾病建立了遗传内分泌代谢病基因诊断项目，如先天性肾上腺皮质增生症﹑Liddle综合征，同时与国内基因诊断机构合作建立了成熟的遗传性肾上腺疾病的相关Panel和全外显子检测项目，开展各种遗传性肾上腺疾病的诊治，并为相关病友的个体化治疗提供指导。
性腺亚专科
湘雅二医院代谢内分泌科在性腺疾病领域具有悠久的历史，是中华医学会内分泌分会性腺疾病学组成员单位。在国内和省内率先诊断和治疗了多种性腺疾病，使用GnRH泵治疗低促性腺激素性性腺功能减退症具有丰富经验 。本专科主要从事性早熟、身材矮小、第二性征发育不良（男性外生殖器幼稚、无胡须、喉结等；女性无月经来潮、乳房不发育、无阴毛）、勃起功能障碍、女性月经紊乱、多毛等的诊疗。主要涉及的疾病包括：青春发育延迟、低促性腺激素性性腺功能减退症（先天性或垂体瘤所致）、高雄激素血症、多囊卵巢综合征、先天性肾上腺皮质增生症、真假两性畸形、女性性腺发育不全（如:Turner综合征）、男性性腺发育不全（如:Klinefelter综合征） 等。
下丘脑垂体亚专科
下丘脑垂体亚专科，是依托国家代谢性疾病临床医学中心大平台成立的亚专科。自上世纪50-60年代以来，在历任学科带头人的领导下，专注于下丘脑和垂体器质性或功能性相关疾病的诊断、治疗以及长期随访管理。主要涉及的病种有：与下丘脑和垂体相关的生长发育异常、性发育异常；功能性垂体瘤（如：泌乳素瘤、生长激素瘤、库欣氏病等）与非功能性垂体瘤；中枢性尿崩症；各种垂体病变的诊断、非手术治疗以及接受手术治疗患者的术前、术中和术后的全程管理等。目前亚专科负责人为盛志峰主任医师，主要骨干为杨琳副副主任医师、王臻主治医师、超晨主治医师。现有中华医学会内分泌学分会垂体组委员一名，建立了湖南省下丘脑垂体疾病诊治交流平台。
目前该亚专科重点关注特发性促性腺激素性性腺功能减退症和Kallman综合征患者的诊断与生殖功能重建，国内较早引入GnRH泵诊断及治疗技术；垂体柄阻滞综合征以及鞍区病变术后的垂体功能保护与维持；儿童或成人生长激素缺乏；垂体柄增粗病变的诊治以及垂体柄活检等。与我院神经外科、放射科、病理科、医学遗传科和肿瘤科开展了广泛有效的多学科合作，建立了一支相对稳定的多学科合作团队。特别是与我院神经外科合作开展的垂体瘤围手术期管理以及垂体柄病变活检技术，达到了国内领先水平。
